Ia selalunya wajar untuk mengetahui komposisi asid amino yang tidak tersusun bagi protein sebelum cuba untuk mencari urutan tersusun, kerana pengetahuan ini boleh digunakan untuk memudahkan penemuan ralat dalam proses penjujukan atau untuk membezakan antara keputusan yang tidak jelas. Pengetahuan tentang kekerapan asid amino tertentu juga boleh digunakan untuk memilih protease yang akan digunakan dalam pembelahan protein. Penyertaan salah asid amino bukan piawai dalam tahap rendah (cth. norleusina) ke dalam protein juga boleh ditentukan.[1] Kaedah umum yang sering dirujuk sebagai analisis asid amino[2] untuk menentukan kekerapan asid amino adalah seperti berikut:

1. Hidrolisis kuantiti protein yang diketahui kepada asid amino juzuk.
2. Asingkan dan mengukur kuantiti asid amino dalam beberapa cara.

Hidrolisis

Hidrolisis dilakukan dengan memanaskan sampel protein dalam asid hidroklorik 6 M kepada 100–110 °C selama 24 jam atau lebih lama. Protein dengan banyak kumpulan hidrofobik yang besar mungkin memerlukan tempoh pemanasan yang lebih lama. Walau bagaimanapun, keadaan ini sangat kuat sehingga beberapa asid amino (serina, treonina, tirosina, triptofan, glutamina, dan sisteina) terdegradasi. Untuk mengelakkan masalah ini, Biochemistry Online mencadangkan agari sampel dipanaskan ecara berasingan untuk masa yang berbeza, menganalisis setiap penyelesaian yang terhasil dan mengekstrapolasi kembali kepada masa hidrolisis sifar. Rastall mencadangkan pelbagai reagen untuk mencegah atau mengurangkan degradasi, seperti reagen tiol atau fenol untuk melindungi triptofan dan tirosina daripada serangan klorin, dan sistein prapengoksidaan. Beliau juga mencadangkan mengukur kuantiti ammonia yang berkembang untuk menentukan tahap hidrolisis amida.

Pemisahan dan kuantiti

Asid amino boleh diasingkan dengan kromatografi pertukaran ion kemudian diterbitkan untuk memudahkan pengesanannya. Lebih biasa, asid amino diterbitkan kemudian diselesaikan dengan HPLC fasa terbalik.